斯坦福大学于1885年成立,1891年正式开课。1893年,斯坦福大学设立工程学院。1908年,斯坦福大学开始设立商科相关课程,1920年正式成立斯坦福大学 Graduate School of Business (简称GSB)。1919年,斯坦福大学法学院设立。二十世纪四十年代,斯坦福大学开始大力发展自然科学,尤其是物理学。伴随着硅谷的发展,斯坦福开始逐渐成为全美工程学科第一的大学。著名的邦妮(Bonnie)粒子加速器也建在斯坦福大学。斯坦福大学同时在国际上享有相当高的学术评价(具体请见学术排名),培养了众多高科技人才,仅1970年代,斯坦福大学就诞生了14名宇航员和两任美国国务卿。
2004年,斯坦福大学与另外8所美国知名高校组成大学联盟Universitas 21。斯坦福大学还是北美Free University Movement的成员之一。